Iniciando con el Live de ArchLinux. (imagino que dd estará en muchas otras distros, pero es el live que mas rápido me arranca, y el que mejor conozco).
Partición original desmontada, partición destino montada, comando:
dd if=/dev/sda1 of=/dev/sdb1 conv=noerror,sync bs=4k
Copia idéntica de sda1 a sdb1, da resultado con la partición raiz.
Mismo proceso para guardar archivo comprimido (copia exacta de sda1 a un gz situado en sdb):
dd if=/dev/hda | gzip > /mnt/sdb1/system_drive_backup.img.gz
Para recuperar el contenido:
gzip -dc /mnt/hdb1/system_drive_backup.img.gz | dd of=/dev/hda
Fuente. (contiene mas métodos, algunos gráficos y con otras herramientas.
Forhaud, linux, sal y pimienta. 
¿para que sirve «conv=noerror,sync bs=4k»? Yo hago dd sin eso y me funciona.. 😛
Seguir a pesar de encontrar errores (me imagino que en sistema de archivos)
y
Copiar incluso los sectores vacíos… algo así entiendo del man:
noerror
continue after read errors
sync pad every input block with NULs to ibs-size; when used with
block or unblock, pad with spaces rather than NULs
Es muy sencillo, “conv=noerror,sync bs=4k” significa:
conv=noerror -> Ignorar errores
sync -> Realizar las operaciones de forma síncrona, equivale a no almacenar en buffer (primero se lee, luego se escribe, luego se espera hasta que la escritura se realice y a repetir con el siguiente bloque)
bs=4k -> Tamaño del bloque de cuatro kbytes, en otras palabras que cada lectura / escritura sea de 4096 bytes.
Nota: con un bs=32k os iría mucho más rápido, e incluso con un bs=1024k (un mega) aún más, ojo a la cache propia del disco duro, si poneis un bs mayor que un poco menos de la mitad, pasa lo contrario se vuelve muy lento. Ejemplo: HDD con cache de 8MB, el mejor bs sería de 2048k si el disco origen y destino es físicamente el mismo y además se usa no sólo en el clonado, si sólo se hace el clonado se podría poner bs=3584k; si en lugar de leer y escribir en el mismo disco se hace en discos diferentes lo mejor es si no se usan para nada más a la vez, poner un poco menos del tamaño de la cache más pequeña, imaginemos dos dicos uno con cache de 8megas y el otro con cache de 16megas, e mejor bs sería bs=8190k. Esto es en la teoría, en la práctica lo mejor es probar con tamaños potencia de 2 y tomar el que mejor rendimiento de, que normalmente será al más alto hasta cierto nivel.
En la práctica ajustar el bs suele poder hacerse en menos de un par de minutos y el tiempo ahorrado en transferir unos 20gigas suele ser más de 15min, así que compensa mucho hacer las pruebas, además sólo hay que hacerlas una vez por disco y luego apuntar el valor en un papel