En realidad no se muy bien lo que ha pasado pero por si las moscas dejo constancia del desbarajuste y el posterior arreglo…
Después de compilar Mplayer con soporte CoreAvc se me ha “desconfigurado” la salida PCM por SPDIF, es decir, sonaban bien los AC3 y DTS pero los stereo salian por la salida analógica, cosa que en mi HTPC “no esta permitida” 
Despues de dar algunas vueltas con Alsaconf y los modulos no he encontrado nada que estuviera fuera de lugar, los switches estaban bien configurados (IEC958 – PCM) tanto en gnome como en KDE inclusive en /etc/asound.state, alsaconf terminaba bien la configuración pero no habia manera de sacar pcm por spdif y todo esto sin haber tocado absolutamente nada en Alsa… cosa rara.
La solucion ha pasado por crear crear el archivo /etc/asound.conf y añadir las siguientes lineas:
pcm.!default {
type plug
slave {
pcm "spdif"
rate 48000
format S16_LE
}
}
Me encanta, acabo de tener el mismo problema y mira por donde el que me lo ha solucionado has sido tú. Muchas gracias Forhaud.
Por cierto, a mi me ha pasado esto cuando ha dado un error el mplayer, nada de compilaciones o actualizaciones, simplemente por haciendo pruebas.
[...] del alsamixer he empezado a buscar con nuestro amigo google. La solución la he encontrado aquí, en el blog de Forhaud, al que por lo visto le pasó lo mismo hace unos [...]